ФЭНДОМ


Молекулярное моделирование - область исследований, которая привлекает теоретические и вычислительные методы для моделирования или имитации поведения молекул, причём молекул в самом широком смысле — состоящих от нескольких атомов и до «гигантских» биологических цепочек.

Программы для Молекулярной визуализации Править

ACD/ChemSketch - программный пакет для молекулярной визуализации

ArgusLab - свободно лицензируемый программный пакет для молекулярного моделирования, графики и дизайна молекул

Chime (MDL Chime) - программа для 3D молекулярной визуализации (авторы - Tim Maffett и Bryan van Vliet) (командный процессор и графический движок взяты из опубликованных открыто исходников программы RasMol)

Chimera (University of California, computer graphics lab) - мощная программа молекулярной визуализации и анализа системы

Cn3D - программное приложение для браузера для визуализации трехмерных структур баз данных NCBI

DeepView - Swiss PDB Viewer - программа молекулярной визуализации белковых структур с элементами моделирования

MidasPlus (Molecular Interactive Display and Simulation) (University of California, computer graphics lab) - программный пакет для молекулярной визуализации, в настоящее время разработчиками не поддерживается, его заменила программа Chimera

MOLMOL - MOLecule analysis and MOLecular display (Цюрихского института молекулярной биологии и биофизики) - одна из программ молекулярной визуализации

Molekel Molecular Visualization Package (CSCS- Swiss National Supercomputing Centre) - интерактивная 3D-графика для визуализации выходных молекулярных и электронных структурных данных программ Gaussian, Gamess US, ADF, Zindo, Mos, Hondo, PRDDO и других

Protein Explorer FrontDoor - программа для визуализации пространственных структур макромолекул белков, ДНК, РНК, а также их взаимодействий и связываний с лигандами, ингибиторами и лекарственными препаратами. Атлас макромолекул для Protein Explorer

PyMOL - (PyMOL Molecular Graphics System) - Python`овская молекулярно графическая програма, позволяет 3D визуализировать белки, небольшие молекулы, молекулярные поверхности и траектории

RasMol - свободнодоступная программа молекулярной визуализации (Roger Sayle, University of Massachusetts, Amherst MA USA). Программа представлена также на ресурсах RasMol.org и OpenRasMol.org

RasTop - практически та же программа RasMol, но с несколько более дружественным пользовательским интерфейсом и расширенными возможностями

SCHAKAL (автор - E. Keller, Кристаллографический институт, Германия) - программа (fortran) графической визуализации молекулярных твердотельных структурных моделей

VEGA ZZ (DDL - Drug Design Lab - Milan University) - программный пакет для молекулярного моделирования и визуализации, продолжение развития проекта VEGA OpenGL

VIDA (OpenEye Scientific Software) - программа визуализации больших наборов данных

VMD (Theoretical and Computational Biophysics Group, University of Illinois) - одна из лучших программ для молекулярной визуализации

UGENE - визуальная среда анализа генетической информации. Одна из возможностей UGENE - визуализация трехмерной структуры белковых и ДНК-последовательностей.


MolviZ - каталог ресурсов по молекулярной визуализации (Eric Martz, University of Massachusetts, Amherst MA USA)


NAMD - Симулятор молекулярной динамики (Molecular Dynamics Simulator). Параллельная объектно-ориентированная библиотека для расчетов в области молекулярной динамики. Реализована на С++ с использованием шаблонов, а также Charm++ и Converse. Распространяется бесплатно. Доступны исходные тексты, а также откомпилированные двоичные файлы

См. также Править

Ссылки Править

Обнаружено использование расширения AdBlock.


Викия — это свободный ресурс, который существует и развивается за счёт рекламы. Для блокирующих рекламу пользователей мы предоставляем модифицированную версию сайта.

Викия не будет доступна для последующих модификаций. Если вы желаете продолжать работать со страницей, то, пожалуйста, отключите расширение для блокировки рекламы.

Также на ФЭНДОМЕ

Случайная вики