ФЭНДОМ


Параметры динамики Langevin Править

NAMD способен к выполнению динамики Langevin, где дополнительное демпфирование и случайные силы представлены системе. Эта способность основана на осуществленном в X-PLOR, который детализирован в Руководстве Пользователя X-PLOR [7], хотя различный интегратор используется.

langevin используют динамику Langevin?

Приемлемые Ценности: на или прочь

Ценность По умолчанию: прочь

Описание: Определяет действительно ли активная динамика Langevin. Если установлено в на, то параметры langevinTemp должны быть установлены и параметры, langevinFile и langevinCol может произвольно собираться управлять поведением этой особенности.

температура langevinTemp для вычислений Langevin (K)

Приемлемые Ценности: положительное десятичное число

Описание: Температура, к которой будут приспособлены атомы, затронутые динамикой Langevin. Эта температура будет примерно поддержана через затронутые атомы через дополнение трения и случайных сил.

langevinDamping демпфирование коэффициента для динамики Langevin (1/постскриптум)

Приемлемые Ценности: положительное десятичное число

Ценность По умолчанию: ценности за атом от файла PDB

Описание: коэффициент сцепления Langevin, который будет применен ко всем атомам (если langevinHydrogen не выключен, когда только неводородные атомы затронуты). Если не данный, файл PDB используется, чтобы получить коэффициенты для каждого атома (см. langevinFile и langevinCol ниже).

langevinHydrogen Применяют динамику Langevin к водородным атомам?

Приемлемые Ценности: на или прочь

Ценность По умолчанию: на

Описание: Если langevinDamping будет установлен, затем устанавливая langevinHydrogen к прочь, то выключит динамику Langevin для водородных атомов. Этот параметр не имеет никакого эффекта, если коэффициенты сцепления Langevin прочитаны от файла PDB.

langevinFile PDB файл, содержащий параметры Langevin

Приемлемые Ценности: имя файла UNIX

Ценность По умолчанию: координаты

Описание: файл PDB, чтобы использовать для коэффициентов сцепления Langevin для каждого атома. Если этот параметр не определен, то файл PDB, определенный координатами, используется.

колонка langevinCol PDB, чтобы прочитать коэффициенты

Приемлемые Ценности: X, Y, Z, O, или B

Ценность По умолчанию: O

Описание: Колонка файла PDB, чтобы использовать для коэффициентов сцепления Langevin для каждого атома. Коэффициенты могут быть прочитаны от любой колонки плавающей запятой файла PDB. Ценность 0 указывает, что атом останется незатронутым.


Температурные параметры сцепления Править

NAMD способен к выполнению температурного сцепления, в котором силы добавлены или уменьшены, чтобы моделировать сцепление системы к ванне высокой температуры указанной температуры. Эта способность основана на осуществленном в X-PLOR, который детализирован в Руководстве Пользователя X-PLOR.

Это - по существу метод Langevin-типа с нулевыми случайными силами и маштабируемым коэффициентом трения. Коэффициент трения вычислен программой от уравнения b_i = b_i^I (\frac {T_0} {T-1})

где b_i^I получен как свойство атома FBETa. Отметьте, что FBETa является нулем по умолчанию; то есть, FBETa должен быть определен, чтобы использовать TCOUpling. Целевая температура T_0 определена параметром TBATh. А T =  \sum { \frac {m_i \frac {dx_i^2} {dt} } { n_{deg} k_B}} температура системы в специфическом шаге, где n_{deg} число степеней свободы системы. Таким образом, положительный fricition коэффициент применен, если система слишком горяча, отрицательный коэффициент трения применен, если система слишком холодная, и никакое трение не применено, если T соответствует T_0.

tCouple выполняют температурное сцепление?

Значения: on или off

Значение по умолчанию: off

Описание: Определяет, является ли температурное сцепление активным. Если установлено в on, то параметры tCoupleTemp должны быть установлены и параметры, tCoupleFile и tCoupleCol может произвольно собираться управлять поведением этой особенности.

tCoupleTemp температура для ванны высокой температуры (K)

Значения: положительное десятичное число

Описание: Температура, к которой будут приспособлены атомы, затронутые температурным сцеплением. Эта температура будет примерно поддержана через затронутые атомы через дополнение сил.

tCoupleFile PDB файл с tCouple параметрами

Значения: имя файла (расчитано на систему UNIX, для Windows могут быть проблемы с указанием длиных путей)

Значение по умолчанию: координаты

Описание: файл PDB, чтобы использовать для температурного коэффициента сцепления для каждого атома. Если этот параметр не определен, то файл PDB, определенный координатами, используется.

tCoupleCol колонка в файле PDB, чтобы прочитать коэффициенты

Значения: X, Y, Z, O, или B

Значение по умолчанию: O

Описание: Колонка файла PDB, чтобы использовать для температурного коэффициента сцепления для каждого атома. Это значение может быть прочитано из любой колонки с плавающей запятой в файле PDB. Значение "O" указывает, что атом останется незатронутым.

Параметры перевычисления температуры Править

NAMD позволяет балансировку системы посредством температурного перевычисления. Используя этот метод, периодически повторно измеряются все скорости в системе так, чтобы вся система была установлена в желательную температуру. Следующие параметры определяют, как часто и к тому, какая температура это перевычисление выполнена.

число rescaleFreq timesteps между температурным перевычислением

Приемлемые Ценности: положительное целое число

Описание: особенность балансировки NAMD активизирована, определяя число timesteps между каждым температурным перевычислением. Если эта ценность дана, то rescaleTemp параметр должен также быть дан, чтобы определить целевую температуру.

температура rescaleTemp для балансировки (K)

Приемлемые Ценности: положительное десятичное число

Описание: температура, к которой все скорости будут повторно измерены каждый rescaleFreq timesteps. Этот параметр действителен, только если rescaleFreq был установлен.


Температурные параметры перевода по службе Править

NAMD позволяет балансировку системы посредством температурного перевода по службе. Используя этот метод, периодически повторно назначаются все скорости в системе так, чтобы вся система была установлена в желательную температуру. Следующие параметры определяют, как часто и к тому, какая температура этот перевод по службе выполнена.

число reassignFreq timesteps между температурным переводом по службе

Приемлемые Ценности: положительное целое число

Описание: особенность балансировки NAMD активизирована, определяя число timesteps между каждым температурным переводом по службе. Если эта ценность дана, то reassignTemp параметр должен также быть дан, чтобы определить целевую температуру.

температура reassignTemp для балансировки (K)

Приемлемые Ценности: положительное десятичное число

Ценность По умолчанию: температура если установлено, иначе ни один

Описание: температура, на которую всем скоростям повторно назначат каждый reassignFreq timesteps. Этот параметр действителен, только если reassignFreq был установлен.

приращение температуры reassignIncr для балансировки (K)

Приемлемые Ценности: десятичное число

Ценность По умолчанию: 0

Описание: Чтобы позволить моделируемый отжиг или другие медленные протоколы нагревания/охлаждения, reassignIncr будет добавлен к reassignTemp после каждого перевода по службе. (Перевод по службе выполнен в первом timestep.) reassignHold параметры могут быть установлены, чтобы ограничить заключительную температуру. Этот параметр действителен, только если reassignFreq был установлен.

reassignHold держащаяся температура для балансировки (K)

Приемлемые Ценности: положительное десятичное число

Описание: заключительная температура для перевода по службе, когда reassignIncr установлен; reassignTemp будет проведен за эту ценность, как только это было достигнуто. Этот параметр действителен, только если reassignIncr был установлен.


Ссылки Править

Обнаружено использование расширения AdBlock.


Викия — это свободный ресурс, который существует и развивается за счёт рекламы. Для блокирующих рекламу пользователей мы предоставляем модифицированную версию сайта.

Викия не будет доступна для последующих модификаций. Если вы желаете продолжать работать со страницей, то, пожалуйста, отключите расширение для блокировки рекламы.

Также на ФЭНДОМЕ

Случайная вики