ФЭНДОМ


Файлы в PDB включают информацию, такую как название состава, разновидности и ткань, от которой, были получены, авторство, история пересмотра, цитата журнала, ссылки, последовательность аминокислот, стехиометрия, вторичные местоположения структуры, кристаллическая решетка и группа симметрии, и наконец АТОМ и отчеты HETATM, содержащие координаты белка и любых вод, ионов, или других гетерогенных атомов в кристалле. Некоторые файлы PDB включают многократные наборы координат для некоторых или всех атомов. Из-за пределов кристаллографии рентгена и анализа структуры NMR, координаты водородных атомов не включены в PDB.

NAMD и VMD игнорируют все в файле PDB за исключением ATOM и HETATM, и при письме файлов PDB, тип отчета АТОМА используется для всех атомов в системе, включая растворитель и ионы.

ATOM      1  N   MET     1      27.340  24.430   2.614  1.00  9.67      1UBQ  71
ATOM      2  CA  MET     1      26.266  25.413   2.842  1.00 10.38      1UBQ  72
ATOM      3  C   MET     1      26.913  26.639   3.531  1.00  9.62      1UBQ  73
ATOM      4  O   MET     1      27.886  26.463   4.263  1.00  9.62      1UBQ  74
ATOM      5  CB  MET     1      25.112  24.880   3.649  1.00 13.77      1UBQ  75
ATOM      6  CG  MET     1      25.353  24.860   5.134  1.00 16.29      1UBQ  76
ATOM      7  SD  MET     1      23.930  23.959   5.904  1.00 17.17      1UBQ  77
ATOM      8  CE  MET     1      24.447  23.984   7.620  1.00 16.11      1UBQ  78
ATOM      9  N   GLN     2      26.335  27.770   3.258  1.00  9.27      1UBQ  79

колонки здесь слева направо: record type, atom ID, atom name, residue name, residue ID, x, y, and z coordinates, occupancy, temperature factor (called beta), segment name, and line number.

(тип записи, идентификатор атома, название атома, название остатка, идентификатор остатка, x, y, и z координаты, занятие (?), температурный фактор (названный бетой), название сегмента, и номер линии)

record type, atom ID, atom name, residue name, residue ID, x, y, and z coordinates, occupancy, temperature factor (called beta), segment name, and line number.

Если этот файл будет загружен в VMD и затем выписан как новый файл, то большая часть дополнительной информации будет удалена, записи HETATM станут записями АТОМА, и ранее пустая область идентификатора цепи (между названием остатка и идентификатором остатка) не будет установлена в X (если не в оригинальном файле), и число линии будет опущено, как приведено здесь:

ATOM      1  N   MET X   1      27.340  24.430   2.614  1.00  9.67      1UBQ
ATOM      2  CA  MET X   1      26.266  25.413   2.842  1.00 10.38      1UBQ
ATOM      3  C   MET X   1      26.913  26.639   3.531  1.00  9.62      1UBQ

Пояснения Править

в файле pdb - есть за колонка названная как "temperature factor" ? Что это - только доходчиво ? И еще есть непонятная мне колонка "occupancy" - это что такое ?

Nik_AD Температурный или В-фактор служит для описания неких статических колебаний атома возле его указанных координат. Чем больше В-фактор, тем менее "упорядочен" атом. НО! В-фактор зависит не только от его состояния в структуре, но и от различных погрешностей при съемке, уточнении и т.п. Поэтому, в последнее время, В-фактор потерял актуальность в первоначальном смысле слова и чаще стал обзываться ADP - atomic displacement parameter. По расшифровке понятен смысл, я надеюсь. Более того, при высоком (выше 1.5А как правило), вводится анизотропный ADP, т.е. возмущения описываются не сферой, а эллипсоидом... Occupancy - проще простого. Дословно - величина замещения. Поскольку в кристалле у вас идет усреднение структур по всем имеющимся ячейкам - а это от миллиона и выше штук молекул, то атом в данном усредненном положении может и не встречаться аообще, или иметь некую вероятность "встречаемости". Для атома белка, как правило вероятность его нахождения в данной точке равна 1. При разупорячивании петель это может быть и 0. В основном же критично для лигандов и ионов, которые могут присутуствовать, а могут и не связаться с белком.

Ссылки Править

Обнаружено использование расширения AdBlock.


Викия — это свободный ресурс, который существует и развивается за счёт рекламы. Для блокирующих рекламу пользователей мы предоставляем модифицированную версию сайта.

Викия не будет доступна для последующих модификаций. Если вы желаете продолжать работать со страницей, то, пожалуйста, отключите расширение для блокировки рекламы.

Также на ФЭНДОМЕ

Случайная вики