ФЭНДОМ


VMD (Theoretical and Computational Biophysics Group, University of Illinois) - одна из лучших программ для молекулярной визуализации


Основы Править

Исследование Различных Выборов Править

Давайте смотреть на различного независимого политика (и интересный) части нашей молекулы.

  • В поле Selected Atoms окна Graphical Representations удаляют слово all, печатают helix (спираль) и нажимают кнопку Apply. VMD покажет только helices (спирали) в нашей молекуле.
  • В окне Graphical Representations выбирают закладку Selections. В секции Singlewords Вы найдете список возможных выборов, которые Вы можете напечатать. Например, попытайтесь показать Бета-листы вместо helices, печатая соответствующее слово в Отобранном текстовом входе Атомов. Комбинации булевых операторов могут также использоваться при письме выбора.
  • Чтобы видеть молекулу без helices и листов, напечатайте следующее в Selected Atoms: (not helix)and(not betasheet)
  • В секции Keyword Вы можете видеть свойства, которые могут использоваться, чтобы выбрать части белка с их возможными ценностями. Cмотрите на возможные ценности Keyword resname (d). Покажите все Лизины и подарки Глицинов в белке, печатая (resname LYS)or(resname GLY). Лизины играют фундаментальную роль в конфигурации polyubiquitin цепей.
  • Теперь, изменение Drawing Method текущего представления к стилю CPK и Coloring Method к ResName в закладке Draw Style. В экране Вы будете в состоянии видеть различные Лизины и Глицины. Сколько из каждого Вы можете видеть?
  • В поле Selected Atoms введите water. Выберите Coloring Method -> Name. Вы должны видеть эти 58 молекул воды (фактически только oxygens) в нашей системе.
  • Чтобы видеть, какие молекулы воды ближе к белку, в пределах которого Вы можете использовать команду within. Напечатайте water and within 3 of protein. Это выбирает все молекулы воды, которые являются в пределах расстояния 3 ангстремов от белка.

Многократные Молекулы Править

Вы будете учиться иметь дело с многократными молекулами одновременно. Вы также покроете основы Tcl scripting при использовании этого, чтобы отредактировать атомные данные, выровнять две молекулы, и покрасить молекулу согласно расчетным свойствам.

См. также Править

Ссылки Править

Обнаружено использование расширения AdBlock.


Викия — это свободный ресурс, который существует и развивается за счёт рекламы. Для блокирующих рекламу пользователей мы предоставляем модифицированную версию сайта.

Викия не будет доступна для последующих модификаций. Если вы желаете продолжать работать со страницей, то, пожалуйста, отключите расширение для блокировки рекламы.

Также на ФЭНДОМЕ

Случайная вики