ФЭНДОМ


Эта обучающая программа разработана, чтобы дать пользователям VMD введение в продвинутые методы для того, чтобы сделать таможенные изображения и кинофильмы. Первая секция смотрит на тот, как использовать особенности, такие как решение, цвет, и материал, восприятие глубины, и объемные данные, чтобы оказать влияния и повышения для все еще изображений. Вторая часть демонстрирует, как работать с траекториями, при использовании методов, таких как траектории сглаживания, показывая многократные структуры сразу, и заставляя выборы атома "следовать" за траекторией. Это также показывает, как создать файл кино из траектории, используя плагин Производителя Кино VMD.

Работа с кадрами Править

  • Загрузите файлы dna.pdb и dna.psf.
  • Покажите только ДНК, и используйте VDW рисунок метода.
  • Увеличение масштаба изображения используя колесико на Вашей мыши, или при использовании Mouse -> Scale Mode (сокращение s) и щелчок и перемещение.
  • Заметьте, что с урегулированием решения по умолчанию, "сферические" атомы не выглядят очень сферическими. В окне Graphical Representations, нажмите на представление, которое Вы настраиваете прежде для ДНК, и нажимаете на закладку Draw Style. Попытайтесь приспособить урегулирование Sphere Resolution кое к чему выше, и видьте то, что различие оно может сделать. (См. Рис. 2.)

Работа с траекториями Править

В этой секции мы узнаем, как пригладить траектории, показать многократные структуры сразу, и заставить выборы атома "следовать" за траекторией.

  • Откройте VMD, и загрузите файлы dna.psf и trajectory.dcd. Перед нажатием на Load в окне Molecular File Browser, посмотрите на секцию Frames. Здесь Вы имеете точный контроль над тем, как файл будет загружен. Оставьте их при установке по умолчанию, так, чтобы все структуры траектории были загружены.
  • Настройте представление, показывая только ДНК, в NewCartoon стиле.
  • Проиграйте анимацию. Вы можете хотеть понизить скорость!
  • движение не является очень гладким, из-за тепловых колебаний. VMD может пригладить мультипликацию, составляя в среднем некоторое число структур. В окне Graphical Representations, выберите свое представление ДНК, и щелкните на закладку Trajectory. В основании Вы увидите Trajectory Smoothing Window Size установленное в ноль. Поскольку Ваша мультипликация играет, увеличить это урегулирование. Заметьте, что движение становится более гладким и более гладким, как Вы увеличиваете значение.
  • Теперь мы посмотрим, как показать много структур сразу. Создайте новое представление ДНК, и скройте старое. (Намек: Выберите старое представление прежде, чем нажать кнопку Create Rep, так, чтобы у нового уже был правильный выбор и тянущий стиль. Отметьте, что сглаживание будет установлено в ноль.)
  • Выбирите снова закладку Trajectory. Выше контроля за сглаживанием, заметьте Draw Multiple Frames. Это установлено в now по умолчанию, который является просто текущей структурой. Введите в 0:10:199, который выбирает каждую десятую структуру из диапазона от 0 до 199.
  • Возвращаются к закладке Draw style, и изменяют способ окраски на Timestep. Это потянет начало траектории в красном, середину в белом, и конец в синем. Также Material набора к Transparent.
  • Мы можем также использовать сглаживание, делая крупномасштабное движение более очевидной ДНК. Установите окно сглаживания в 10. У Вас должно быть кое-что как Рис. 10 (a).

Создание фильма Править

Extensions -> Visualization -> Movie Maker

Ссылки Править

Обнаружено использование расширения AdBlock.


Викия — это свободный ресурс, который существует и развивается за счёт рекламы. Для блокирующих рекламу пользователей мы предоставляем модифицированную версию сайта.

Викия не будет доступна для последующих модификаций. Если вы желаете продолжать работать со страницей, то, пожалуйста, отключите расширение для блокировки рекламы.

Также на ФЭНДОМЕ

Случайная вики