ФЭНДОМ


Иследование файла топологии Править

Мы Создадим новый файл топологии для D-аланина, используя существующий файл топологии для L-аланина.

  • открываем файл top_all27_prot_lipid.inp
  • Найдите вход топологии для аланина, используя Поиск печатая "ala" в области поиска.

Вход для аланина следующий:

[frame=single, framerule=1.2mm, framesep=3mm, label=Alanine Topology Entry, fontsize=\scriptsize]
RESI ALA          0.00
GROUP   
ATOM N    NH1    -0.47  !     |
ATOM HN   H       0.31  !  HN-N
ATOM CA   CT1     0.07  !     |     HB1
ATOM HA   HB      0.09  !     |    /
GROUP                   !  HA-CA--CB-HB2
ATOM CB   CT3    -0.27  !     |    \
ATOM HB1  HA      0.09  !     |     HB3
ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C
ATOM HB3  HA      0.09  !     |
GROUP                   !
ATOM C    C       0.51
ATOM O    O      -0.51
BOND CB CA  N  HN  N  CA  
BOND C  CA  C  +N  CA HA  CB HB1  CB HB2  CB HB3 
DOUBLE O  C 
IMPR N -C CA HN  C CA +N O   
DONOR HN N   
ACCEPTOR O C   
IC -C   CA   *N   HN    1.3551 126.4900  180.0000 115.4200  0.9996
IC -C   N    CA   C     1.3551 126.4900  180.0000 114.4400  1.5390
IC N    CA   C    +N    1.4592 114.4400  180.0000 116.8400  1.3558
IC +N   CA   *C   O     1.3558 116.8400  180.0000 122.5200  1.2297
IC CA   C    +N   +CA   1.5390 116.8400  180.0000 126.7700  1.4613
IC N    C    *CA  CB    1.4592 114.4400  123.2300 111.0900  1.5461
IC N    C    *CA  HA    1.4592 114.4400 -120.4500 106.3900  1.0840
IC C    CA   CB   HB1   1.5390 111.0900  177.2500 109.6000  1.1109
IC HB1  CA   *CB  HB2   1.1109 109.6000  119.1300 111.0500  1.1119
IC HB1  CA   *CB  HB3   1.1109 109.6000 -119.5800 111.6100  1.1114


  • RESI ALA 0.00 - указывает новый остаток с названием ALA и полное charge 0.00
  • GROUP - указывает, что следующие атомы (до следующей команды GROUP) являются частью "группы" атомов, которая несет обвинение целого числа. Группы часто составляются из атомов, которые взаимодействуют с помощью электроники, разделяя электронную плотность.
  • ATOM N NH1 -0.47 ! | - указывает новый атом с названием N, тип NH1, и charge -0.47. "!" знак комментария. Что-нибудь появляющееся после того, как это на линии будет проигнорировано. Только в комментарии пользователь может видеть топологию остатка. Отметьте, что атомы N, HN, CA, и HA формируют группу с чистым charge 0.00.
  • BOND CB CA N HN N CA - указывает наборы 2 атомов, которые связаны единственной связью. Связи установлены между последовательными атомами. Таким образом, одна связь помещена между атомами CB и CA, так же между N и HN, и один между N, и CA и т.д.
  • DOUBLE O C - просто указывает, что атомы по имени O и C соединены. DOUBLE синоним для BOND и не будет затрагивать получающийся psf файл. Факт, что есть двойная связь между атомами, составляется в параметрах, не в топологии.
  • IMPR N -C CA HN C CA +N O - указывает наборы 4 атомов, для которых будет вычислено неподходящее взаимодействие связи. Центр chiral перечислен сначала. Неподходящая связь установлена между атомами N, C, CA, и HN с N, являющимся в центре, и каждый создан между C, CA, N, и O с C в центре. Отзыв, неподходящие связи установлены, чтобы поддержать planarity, и эти два поддерживают planarity основы белка.
  • DONOR и ACCEPTOR - не используются областью силы CHARMM или NAMD. Они указывают, какие атомы могут действовать как водородные дарители облигации и получатели, но так как область силы CHARMM больше не включает явный водородный термин энергии связи, эти записи проигнорированы. Отметьте, что любые водородные связи, которые Вы наблюдаете в своих моделированиях, используя последнюю область силы CHARMM, являются просто результатом электростатических взаимодействий.
  • IC -C CA *N HN 1.3551 126.4900 180.0000 115.4200 0.9996 - IC обозначает "внутренние координаты". Они обеспечивают полный комплект координат для атомов относительно других атомов в остатке. Таким образом, если атомы отсутствуют от структуры (такой как атомы H от кристаллографии рентгена файл PDB), полная молекула может все еще быть построена основанная на положениях существующих атомов. Отчеты IC определяют длину связи (bond), угол(angle), двугранный угол (dihedral) угол для групп 4 атомов.

Образец может войти в 2 формы:

  • IC A B C D [bond(AB)] [angle(ABC)] [dihedral(ABCD)] [angle(BCD)] [bond(CD)]
  • IC A B *C D [bond(AC)] [angle(BCA)] [improper(ABCD)] [angle(BCD)] [bond(CD)]; "*" рядом с атомом C указывает, что это в центре неподходящего углового определения. Нет * не указывает, что у этих 4 атомов нет неподходящей топологии.

В примере выше, у атомов C и N есть длина связи 1.3551 Å, атомы CA, N, и у C есть угол 126.4900 между ними, атомы C, CA, N, и у HN есть 180.0000 двугранных угла, атомы CA, N, и у HN есть угол 115.4200 между ними, и у атомов N и HN есть длина связи 0.9996 Å. Atom N, центральный атом в неподходящей топологии.

Ссылки Править

Обнаружено использование расширения AdBlock.


Викия — это свободный ресурс, который существует и развивается за счёт рекламы. Для блокирующих рекламу пользователей мы предоставляем модифицированную версию сайта.

Викия не будет доступна для последующих модификаций. Если вы желаете продолжать работать со страницей, то, пожалуйста, отключите расширение для блокировки рекламы.

Также на ФЭНДОМЕ

Случайная вики